Proyectos

Proyectos a desarrollar entre 2016 y 2022 para los que necesitamos apoyo

ANÁLISIS DE VARIABILIDAD GENÉTICA DE VIRUS PATÓGENOS: SARS-COV-2 (COVID-19) y VIH

OBJETIVOS

  • Desarrollo del programa informático “EpiMolBio” para el análisis de variabilidad genética de secuencias virales, de otros patógenos o proteínas con interés biológico procedentes de bases de datos y/o muestras clínicas, para ayudar a la comunidad científica en estrategias terapéuticas y de diagnóstico.
  • Estudio de los cambios de aminoácidos en las secuencias de proteínas estructurales y no estructurales del SARS-CoV-2 a lo largo del tiempo desde el inicio de la pandemia según país y continente.
  • Estudio de variabilidad genética del VIH-1 y VIH-2 y análisis de resistencias frente a antirretrovirales según variante viral.
  • Identificación de marcadores genéticos específicos de cada variante del VIH en varias proteínas virales, incluidas proteínas dianas de los fármacos antirretrovirales en uso terapéutico.
  • Detección de las regiones más conservadas de proteínas de interés biomédico con finalidad investigadora, diagnóstica y/o terapéutica.
  • Ir mejorando el programa EpiMolBio mientras realizamos nuevos estudios.

ÚLTIMOS AVANCES

    Nuestro programa EpiMolBio tiene ya listas muchas funciones. Así, permite alinear cientos de miles de secuencias de aminoácidos y de nucleótidos automáticamente, hace análisis de polimorfismos, de conservación, de identificación y contaje de mutaciones en un alineamiento de secuencias dado, de detección de mutaciones de resistencia a fármacos antirretrovirales frente el VIH, de homología, rastrea en busca de regiones concretas dentro de proteínas, entre otras herramientas.

  • Análisis de la variabilidad genética del VIH y resistencia a antirretrovirales en secuencias de proteínas virales de interés.
  • Identificación de marcadores genéticos específicos presentes de manera natural en cada variante del VIH (tipo, grupo, subtipo, sub-subtipo, recombinante circulante CRF) en algunas proteínas virales.
  • Detección de las regiones más conservadas de varias proteínas del VIH y de SARS-Cov2 (virus causante del Covid19) con finalidad investigadora, diagnóstica y/o terapéutica.
  • Primera identificación de las mutaciones de la proteína spike del SARS-CoV2 en secuencias españolas disponibles en bases de datos públicas por semana epidemiológica en cada una de las Comunidades Autónomas españolas, siendo presentados los datos en el I Congreso Nacional Covid 2020.
  • Identificación de dominios altamente conservados en la proteína spike de SARS-CoV2 empleando 15.798 secuencias spike disponibles en la base de datos GISAID, con potencial terapéutico y diagnóstico.
  • Estudio de la variabilidad genética en las 4 proteínas estructurales del nuevo coronavirus SARS-CoV2, causante de la pandemia de Covid19, en el mundo y por país desde el principio de la epidemia hasta la actualidad.

AYUDA SOLICITADA

    Requerido contrato de 1 bioinformático para 2022 y 2023 (24.000 €/año, incluyendo cuotas patronales)

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

IMPACTO DE LA VARIABILIDAD GENÉTICA DEL VIH EN EL DIAGNÓSTICO MOLECULAR Y MONITORIZACIÓN DE LA TERAPIA EMPLEANDO TÉCNICAS MOLECULARES POINT OF CARE COMERCIALES Y EN DESARROLLO

OBJETIVOS

  • Estudiar cómo la variabilidad genética del VIH influye en su detección por distintas tecnologías moleculares y en la cuantificación viral requerida para la monitorización de la eficacia de la terapia antirretroviral y para la detección de fracasos terapéuticos.
  • Desarrollar dos nuevas tecnologías para la detección molecular del VIH basadas en la nanotecnología y en la tecnología de aptámeros para detectar proteínas virales y compararlas con técnicas diagnósticas moleculares point of care (POC) que detectan ácidos nucleicos del VIH.
  • Evaluar la eficacia de cada técnica en la detección y/o cuantificación de muestras clínicas de sangre seca y/o plasma infectadas por variantes diferentes del VIH.

Proyecto financiado con el proyectos FIS (ISCIII)

INFORMACIÓN ADICIONAL

ÚLTIMOS AVANCES

    Chips y placas de silicio

  • Empleando chips y placas de silicio hemos conseguido detectar la proteína P24 viral recombinante por detección ortoplasmónica a nivel de fentogramos (aproximadamente 10 virus VIH/ml de sangre).
  • Actualmente estamos evaluando su eficacia diagnóstica frente a un panel de muestras infectadas por distintas variantes del VIH.
  • Posteriormente, evaluaremos muestras de pacientes con infección reciente y con distintas cantidades de virus.
  • Aptámeros

  • Empleando un nuevo programa bioinformático desarrollado en el laboratorio (Programa EpiMolBio) hemos analizado varias decenas de miles secuencias de variantes virales diferentes disponibles en bases de datos especializadas. A continuación hemos identificado en 5 proteínas virales varias regiones altamente conservadas a nivel de aminoácido entre variantes. distintas del VIH-1 y VIH-2.
  • Hemos seleccionado varios aptámeros de ADN que pueden unirse por su estructura tridimensional específica a esas zonas conservadas de proteínas del VIH.
  • Actualmente estamos caracterizando la afinidad, especificidad, y sensibilidad de los aptámeros seleccionados por las proteínas del VIH de interés.
  • Una vez caracterizados y seleccionado los mejores, se procederá a evaluar su eficacia diagnóstica frente a muestras infectadas por distintas variantes del VIH y con distintas cantidades de virus.
  • Buscaremos las mejores combinaciones de aptámeros para intentar conseguir mayores sensibilidades para la detección del VIH.
  • Publicación científica Utility Of POC Xpert HIV-1 Tests For Detection-Quantification Of Complex HIV Recombinants Using Dried Blood Spots From Kinshasa, D. R. Congo

DIAGNÓSTICO PRECOZ, ANÁLISIS DE RESISTENCIAS Y ESTUDIO VIROLÓGICO DEL VIH EN POBLACIÓN PEDIÁTRICA DE KINSHASA (R. D. CONGO)

OBJETIVOS

  • Formación del personal técnico del Hospital de Monkole para toma correcta de muestras y su transporte a -20ºC desde República Democrática del Congo (RDC) de los niños a Madrid.
  • Diagnóstico precoz del VIH en niños nacidos de madre infectada por el virus en sangre seca.
  • Cuantificación de la cantidad de virus en todos los niños infectados y evaluar de distintas técnicas para identificar la que mejor cuantificar las variantes del virus que circulan en RDC.
  • Identificación de virus resistentes a fármacos antirretrovirales en niños y detectar fracasos al tratamiento.
  • Descripción epidemiológica y de las variantes virales en la población pediátrica, adolescente y adulta desde el principio de la epidemia en RDC.
  • Estudios de marcadores de inflamación usando sangre seca.
  • Evaluación de la eficacia de técnicas moleculares diferentes empleadas para la monitorización de la infección.
  • Transferencia de resultados a clínicos locales para la mejora en el diagnóstico, régimen terapéutico y seguimiento clínico de los pacientes del estudio

ÚLTIMOS AVANCES

ENTIDADES COLABORADORAS

DIAGNÓSTICO DEL VIH, ANALISIS DE RESISTENCIAS A FÁRMACOS Y VARIANTES DEL VIH EN POBLACIÓN INFECTADA DE GUINEA ECUATORIAL

OBJETIVOS

  • Formación del personal técnico del Hospital Regional de Bata (Guinea Ecuatorial) para la toma y almacenamiento correcto de muestras infectadas de plasma y DBS en Guinea, y su transporte a -20ºC a Madrid
  • Confirmación de diagnóstico de VIH en niños, adultos y mujeres embarazadas utilizando muestras de sangre seca.
  • Cuantificación de la cantidad de virus en todos los pacientes infectados para identificar fracasos a la terapia.
  • Identificación de los virus resistentes a fármacos antirretrovirales en pacientes infectados que han fracasado al tratamiento.
  • Caracterización de las variantes virales en la población infectada estudiada en Guinea Ecuatorial.
  • Descripción epidemiológica de las poblaciones de estudio.
  • Transferencia periódica de resultados a los clínicos locales y a la Dirección Nacional de SIDA de Guinea Ecuatorial
  • Proyecto actualmente en marcha, en colaboración con el Centro Nacional de Medicina Tropical (CNMT-ISCIII), Hospital General de Bata y Ministerio de Sanidad de Guinea Ecuatorial.
  • Proyecto apoyado por UNICEF (Malabo, Guinea Ecuatorial).

ÚLTIMOS AVANCES

EVALUACIÓN DE TÉCNICAS MOLECULARES Y SEROLÓGICAS PARA EL DIAGNÓSTICO Y CUANTIFICACIÓN DEL VIH, VHC Y VHE EMPLEANDO SANGRE SECA (DBS)

OBJETIVOS

  • Normalizar el diagnóstico y seguimiento de VIH, VHC y VHE en muestras de sangre seca recogidas en papel de filtro especial (DBS), mediante su comparación con muestras de suero.
  • Establecer el cut-off más óptimo para la detección de anticuerpos en DBS.
  • Comparar los valores de cuantificación de ácidos nucleicos de esos virus en pacientes virémico empleando sangre seca vs. los obtenidos en muestras de plasma.
  • Establecer el tiempo máximo de conservación de DBS a temperatura ambiente que permita la detección serológica y molecular de los tres patógenos a estudiar, evaluando el patrón de anticuerpos observados en cada muestra a los distintos tiempos (toma de muestra, 6 meses y 12 meses).
  • Optimizar la detección simultánea de varios agentes infecciosos empleando una misma muestra de sangre seca.

AYUDA SOLICITADA

    60.000€ para el estudio en 150 pacientes (incluye material para la toma, almacenamiento de muestras, reactivos, análisis, transferencia y difusión de resultados).

EVOLUCIÓN DE VARIANTES DEL VIH Y RESISTENCIAS EN NIÑOS Y ADOLESCENTES INFECTADOS DE LA COMUNIDAD DE MADRID

OBJETIVOS

  • Describir los parámetros virológicos en la cohorte de niños y adolescentes con VIH de Madrid durante un periodo de 20 años (1998-2018).
  • Identificar la mutaciones de resistencias a fármacos antirretrovirales y su evolución con el tiempo en pacientes.
  • Caracterizar filogenéticamente las variantes del VIH que infectan a niños y ver la introducción de cepas complejas en las nuevas infecciones.
  • Estudiar cómo evoluciona molecularmente el virus en los niños estudiados y cómo afecta en sus parámetros evolutivos el tiempo de infección, parámetros clínicos y la coinfección con el virus de la hepatitis C.
  • Comparar la evolución del VIH en los niños y en sus madres con el tiempo y estudiar la transmisión de resistencias.
  • Este proyecto es la continuación de otros trabajos del grupo en pacientes infectados por VIH en la Comunidad de Madrid, que han derivado en cerca de 100 publicaciones científicas desde 1995.

AYUDA SOLICITADA

Reactivos ya financiados
Requerido contrato de 1 persona para 1 año (29.000€ por persona/año, incluye cuotas patronales)