Proyectos

Proyectos en marcha para los que necesitamos apoyo

DESARROLLO DEL PROGRAMA INFORMÁTICO EPIMOLBIO PARA ANALIZAR LA VARIABILIDAD GENÉTICA DE VIRUS, PROTEÍNAS Y GENES DE INTERÉS BIOMÉDICO

OBJETIVOS

  • Desarrollo del programa informático “EpiMolBio” para el análisis de variabilidad genética de secuencias virales, de otros patógenos o proteínas con interés biológico procedentes de bases de datos y/o muestras clínicas, para ayudar a la comunidad científica en estrategias terapéuticas y de diagnóstico.
  • Estudio de los cambios de aminoácidos en las secuencias de proteínas estructurales y no estructurales del SARS-CoV-2 a lo largo del tiempo desde el inicio de la pandemia según país y continente.
  • Estudio de variabilidad genética del VIH-1 y VIH-2 y análisis de resistencias frente a antirretrovirales según variante viral.
  • Identificación de marcadores genéticos específicos de cada variante del VIH en varias proteínas virales, incluidas proteínas dianas de los fármacos antirretrovirales en uso terapéutico.
  • Detección de las regiones más conservadas de proteínas de interés biomédico con finalidad investigadora, diagnóstica y/o terapéutica.

AYUDA SOLICITADA

    Requerido contrato de 1 bioinformático para 2025 y 2026 (24.000 €/año, incluyendo cuotas patronales)
    Contratación de una empresa para cree la web de EpiMolBio y le de mantenimiento y SEO.

ÚLTIMOS AVANCES

    Nuestro programa EpiMolBio tiene ya listas muchas funciones. Así, permite alinear cientos de miles de secuencias de aminoácidos y de nucleótidos automáticamente, hace análisis de polimorfismos, de conservación, de identificación y contaje de mutaciones en un alineamiento de secuencias dado, de detección de mutaciones de resistencia a fármacos antirretrovirales frente el VIH, de homología, rastrea en busca de regiones concretas dentro de proteínas, entre otras herramientas.

  • Análisis de la variabilidad genética del VIH y resistencia a antirretrovirales en secuencias de proteínas virales de interés.
  • Identificación de marcadores genéticos específicos presentes de manera natural en cada variante del VIH (tipo, grupo, subtipo, sub-subtipo, recombinante circulante CRF) en algunas proteínas virales.
  • Detección de las regiones más conservadas de varias proteínas del VIH y de SARS-Cov2 (virus causante del Covid19) con finalidad investigadora, diagnóstica y/o terapéutica.
  • Primera identificación de las mutaciones de la proteína spike del SARS-CoV2 en secuencias españolas disponibles en bases de datos públicas por semana epidemiológica en cada una de las Comunidades Autónomas españolas, siendo presentados los datos en el I Congreso Nacional Covid 2020.
  • Identificación de dominios altamente conservados en la proteína spike de SARS-CoV2 empleando 15.798 secuencias spike disponibles en la base de datos GISAID, con potencial terapéutico y diagnóstico.
  • Estudio de la variabilidad genética en las 4 proteínas estructurales del nuevo coronavirus SARS-CoV2, causante de la pandemia de Covid19, en el mundo y por país desde el principio de la epidemia hasta la actualidad.
  • Estudio de las 26 proteínas del SARS-COV-2 y su evolución en España, datos presentados en el congreso internacional CROI 2022.
  • Divulgación científica en notas de prensa: Realizan el primer estudio de conservación y mutaciones emergentes de las 4 proteínas estructurales del SARS-CoV-2 con datos de más de 100.000 pacientes

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

ENTIDADES COLABORADORAS

DESARROLLO Y EVALUACIÓN DE NUEVOS MÉTODOS DIAGNÓSTICOS MOLECULARES POINT OF CARE BASADOS EN LA NANOTECNOLOGÍA Y EN EL USO DE APTÁMEROS PARA EL DIAGNÓSTICO PRECOZ DEL VIH EN EL MUNDO

OBJETIVOS

    Los aptámeros son oligonucleótidos de cadena sencilla (ARN o ADN) o moléculas peptídicas capaces de unirse a una molécula diana con alta especificidad y afinidad. Son una alternativa a los anticuerpos monoclonales, tanto en el ámbito diagnóstico como en el ámbito terapéutico. Su ventaja frente a los anticuerpos es su producción sencilla y menos costosa, su capacidad de ser modificados químicamente para aumentar su estabilidad, y no ser inmunogénicos.

  • Desarrollar nuevas tecnologías para la detección molecular precoz del VIH para detectar proteínas virales y compararlas con técnicas diagnósticas moleculares point-of-care (POC) que detectan ácidos nucleicos del VIH.
  • Desarrollar y evaluar nuevos prototipos diagnósticos para la detección molecular basados en la nanotecnología y el uso de aptámeros para el diagnóstico precoz del VIH.
  • Identificar nuevos sistemas de detección ultrasensibles para detectar mínimas cantidades de virus en muestras clínicas para lograr una detección precoz de la infección en los nuevos prototipos diagnósticos.
  • Evaluar el impacto del tipo de muestra, variabilidad genética viral, fase de infección por VIH y edad del paciente en la capacidad de detección de los nuevos prototipos diagnósticos.
  • Evaluar la eficacia de cada técnica en la detección y/o cuantificación de muestras clínicas de sangre seca y/o plasmas infectadas por variantes diferentes del VIH.
  • Desarrollar de una herramienta bioinformática para la identificación y modificación de aptámeros.

AYUDA SOLICITADA

    Requerido contrato de 1 técnico superior de laboratorio para 2023, 2024, 2025 y 2026 (26.000 €/año, incluyendo cuotas patronales).

ÚLTIMOS AVANCES

    Chips y placas de silicio

  • Empleando chips y placas de silicio hemos conseguido detectar la proteína P24 viral recombinante por detección ortoplasmónica a nivel de fentogramos (aproximadamente 10 virus VIH/ml de sangre).
  • Actualmente estamos evaluando su eficacia diagnóstica frente a un panel de muestras infectadas por distintas variantes del VIH.
  • Posteriormente, evaluaremos muestras de pacientes con infección reciente y con distintas cantidades de virus.
  • Los primeros resultados han sido presentados en el 2022 Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections (CROI)

    • Aptámeros

  • Empleando un nuevo programa bioinformático desarrollado en el laboratorio (Programa EpiMolBio) hemos analizado varias decenas de miles secuencias de diferentes variantes virales disponibles en bases de datos especializadas. A continuación, hemos identificado en 5 proteínas virales varias regiones altamente conservadas a nivel de aminoácidos entre distintas variantes del VIH-1 y VIH-2.
  • Hemos seleccionado varios aptámeros de ADN que pueden unirse por su específica estructura tridimensional a esas zonas conservadas de las proteínas del VIH.
  • Hemos caracterizado la secuencia, estructura, afinidad, especificidad, y sensibilidad de los aptámeros seleccionados frente a dichas proteínas de interés.
  • Actualmente estamos seleccionando las mejores combinaciones de aptámeros para obtener mayor sensibilidad en la detección del VIH.
  • A continuación, se procederá a evaluar su eficacia diagnóstica frente a distintos tipos de muestras infectadas por distintas variantes del VIH y con distintas cantidades de virus.
  • Actualmente estamos evaluando la eficacia de detección del VIH empleando microarrays a los que se les han incorporado los aptámeros específicos que reconocen proteínas frente al VIH.
  • A continuación, se procederá a evaluar su eficacia diagnóstica frente a muestras infectadas por distintas variantes del VIH y con distintas cantidades de virus.

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

ENTIDADES COLABORADORAS

DIAGNÓSTICO DEL VIH, ANALISIS DE RESISTENCIAS A FÁRMACOS Y VARIANTES DEL VIH Y PROTECCIÓN VACUNAL EN POBLACIÓN INFECTADA DE GUINEA ECUATORIAL

OBJETIVOS

  • Proyecto de COOPERACIÓN INTERNACIONAL.
  • Formación del personal técnico del Hospital Regional de Bata (Guinea Ecuatorial) para la toma y almacenamiento correcto de muestras infectadas de plasma y DBS en Guinea, y su transporte a -20ºC a Madrid
  • Confirmación de diagnóstico de VIH en niños, adultos y mujeres embarazadas utilizando muestras de sangre seca.
  • Cuantificación de la cantidad de virus en todos los pacientes infectados para identificar fracasos a la terapia.
  • Identificación de los virus resistentes a fármacos antirretrovirales en pacientes infectados que han fracasado al tratamiento, identificando los fármacos alternativos para cada paciente infectado por virus resistentes.
  • Caracterización de las variantes virales en la población infectada estudiada en Guinea Ecuatorial.
  • Descripción epidemiológica de las poblaciones de estudio.
  • Estudios de protección frente a patógenos vacunables en población pediátrica de Guinea.
  • Transferencia periódica de resultados a los clínicos locales y a la Dirección Nacional de SIDA de Guinea Ecuatorial
  • Proyecto actualmente en marcha, en colaboración con el Centro Nacional de Medicina Tropical (CNMT-ISCIII), Hospital General de Bata y Ministerio de Sanidad de Guinea Ecuatorial.
  • Proyecto apoyado por UNICEF (Malabo, Guinea Ecuatorial).

AYUDA SOLICITADA

    Requerido contrato de 1 licenciado para 2024 y 2025 (29.000 €/año, incluyendo cuotas patronales) y fondos para reactivos.

ÚLTIMOS AVANCES

  • Recepción y procesamiento de 3 lotes de muestras en el Laboratorio de Epidemiología Molecular del VIH-1 (IRYCIS-Hospital Ramón y Cajal, Madrid) procedentes del Hospital Regional de Bata .
  • Comunicación directa con clínicos responsables de los pacientes para informarles de los falsos positivos/negativos diagnósticos encontrados.
  • Elaboración de informes periódicos con resultados diagnósticos serológicos/ moleculares y cuantificación de la viremia en población adulta e infantil con VIH de la ciudad de Bata, incluyendo la variante del VIH en cada paciente de estudio. Entregados a las autoridades sanitarias del país y a los clínicos guineanos responsables.
  • Entrega a las autoridades sanitarias del país de un informe con los primeros resultados de resistencia en población adulta e infantil con VIH de la ciudad de Bata, identificando la presencia o ausencia de mutaciones de resistencias a fármacos antirretrovirales en cada paciente con fracaso previo a la terapia. Entregado a las autoridades sanitarias del país y a los clínicos responsables.
  • Presentación de nuestros datos sobre la epidemia del VIH en Guinea a representantes de la OMS en Guinea, y a una delegación guineana del Ministerio de Sanidad del Gobierno Guineano, liderada por el Viceministro de Sanidad guineana, con la asistencia del embajador en España de Guinea Ecuatorial. Planificación conjunta de la una estrategia futura para controlar la infección en un país que presenta una de las mayores prevalencias por VIH de la región. Noviembre 2021.
  • Rotación formativa en nuestro laboratorio de dos técnicos guineanos seleccionados por el Ministerio de Salud de Guinea Ecuatorial. Junio 2021.
  • Divulgación científica de las I Jornadas sobre los Programas Nacionales de Control de Endemias en Guinea Ecuatorial.
  • Divulgación científica en prensa especializada y general, y en múltiples congresos científicos nacionales e internacionales.
  • Divulgación científica: Investigadoras del CIBERESP estudian la resistencia a antirretrovirales del VIH en Guinea Ecuatorial

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

ENTIDADES COLABORADORAS

  • Centro Nacional de Medicina Tropical-ISCIII y Programa Nacional de lucha contra el VIH/SIDA del Ministerio de Sanidad y Bienestar Social de Guinea Ecuatorial (MINSABS)

EVALUACIÓN Y OPTIMIZACIÓN DEL USO DE SANGRE SECA o DBS (dried blood samples) COMO MUESTRA ALTERNATIVA AL SUERO/PLASMA PARA LA DETECCIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE ANTÍGENOS Y ANTICUERPOS

OBJETIVOS

  • Evaluar la protección vacunal frente a patógenos vacunables (sarampión, rubeola, paperas, tétanos, difteria y tos ferina) empleando DBS. Identificación del cut-off más óptimo que proporcione la máxima especificidad y/o sensibilidad para la detección de anticuerpos protectivos frente a cada uno en este tipo de muestra.
  • Normalizar el diagnóstico y seguimiento de la infección por distintos patógenos (VIH, VHC, T. cruzi) en muestras de sangre seca recogidas en papel de filtro especial (DBS), mediante su comparación con muestras de suero o plasma.
  • Comparar los valores de cuantificación de ácidos nucleicos de VIH y VHC en pacientes virémicos empleando sangre seca vs. los obtenidos en muestras de plasma.
  • Establecer el tiempo máximo de conservación de DBS a temperatura ambiente que permita la detección serológica y molecular del VHC, evaluando el patrón de anticuerpos observados en cada muestra a los distintos tiempos (toma de muestra, 6 meses y 12 meses).
  • Establecer el cut-off más óptimo para la detección de anticuerpos o antígenos en DBS en cada técnica serológica o molecular empleada.
  • Evaluación del uso de los DBS en la detección y cuantificación de distintos marcadores inmunes para la monitorización de la respuesta inmune.

AYUDA SOLICITADA

    Requerido contrato de 1 técnico superior de laboratorio para 2023, 2024, y 2025 (26.000 €/año, incluyendo cuotas patronales) y fondos para reactivos.

ÚLTIMOS AVANCES

  • Divulgación científica en prensa especializada y general, y en múltiples congresos científicos nacionales e internacionales.
  • Múltiples publicaciones científicas desde 2011 validando el uso de los DBS para el diagnóstico molecular/serológico, y cuantificación del VIH por distintas técnicas, y para la monitorización de resistencias y caracterización de variantes virales.
  • Actualmente se ha podido comparar la carga viral de VHC en plasma vs. DBS y está en proceso la evaluación de la detección del antígeno del core del VIH en suero vs. DBS, un marcador sensible que permite diagnosticar la enfermedad de forma precoz en ausencia de pruebas moleculares.

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

ENTIDADES COLABORADORAS

  • Muestras de RDC: Clínica Universidad de Navarra
  • Muestras de España: Servicio de Microbiología y de Gastroenterología del Hospital Universitario Ramón y Cajal, IdIPaz-Hospital Universitario La Paz (Madrid)
  • Muestras de Guinea Ecuatorial: Centro Nacional de Medicina Tropical-ISCIII, Programa Nacional de lucha contra el VIH/SIDA del Ministerio de Sanidad y Bienestar Social de Guinea Ecuatorial
  • Muestras de Uganda: Med Biotech Laboratories, Kampala, Uganda y National NTD Program, Ministry of Health, Kampala, Uganda
  • Muestras de México: Hospital Infantil de México Federico Gómez, Ciudad de México

PROYECTO CYTED-PLANTAIDS: RED PEDIÁTRICA PARA PREVENCIÓN, DETECCIÓN PRECOZ Y TRATAMIENTO DEL VIH EN NIÑOS

OBJETIVOS

    EpiMolVIH colabora con la red CYTED-PLANTAIDS desde su comienzo en 2018 a través de varios proyectos. En la red participan 9 países de Latino América: Costa Rica, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Panamá y Venezuela. Esta red cuenta con la colaboración de la Red Nacional de VIH pediátrico (CoRISpe) de España. A su vez también está apoyada por el instituto francés INSERM, el instituto italiano-latinomericano ILLA, y el Plan Nacional de SIDA español. Del mismo modo tiene colaboración con la RED PENTA.

    Hemos participado en:

  • Proyecto en Guatemala: Vigilancia de las resistencias a antirretrovirales frente al VIH en niños y adolescentes infectados en seguimiento en el Hospital Roosvelt, Guatemala. Proyecto en marcha desde 2023
  • Proyecto en México: Impacto inmune de la exposición y de la infección al VIH en niños de México y capacitación de personal médico local en interpretación de pruebas de resistencia y susceptibilidad a antirretrovirales de pacientes con fracaso terapéutico. Proyecto en marcha desde 2022.
  • Proyecto en Panamá: Vigilancia de las resistencias a antirretrovirales y de variantes del VIH en niños y adolescentes infectados, con y sin tratamiento antirretroviral. Proyecto finalizado.
  • Estudio sobre las técnicas diagnósticas y de monitorización de la infección por VIH en pacientes pediátricos de centros de referencia de 8 países de Latinoamérica (Costa Rica, Guatemala, Honduras, El Salvador, México, Nicaragua, Ecuador y Panamá). Póster 184 del Congreso GESIDA 2019.

ÚLTIMOS AVANCES

  • Proyecto Guatemala: Visita de Epimol y miembros de PLANTAIDS en España al hospital Roosvelt para conocer las necesidades. Consecución de una beca para la estancia de un médico español durante 3 meses en el hospital Roosvelt para apoyo del hospital. Funding, diseño y planificación del estudio, actualmente en proceso de aprobación por el Comité Etico de Guatemala. Selección de secuencias virales retrospectivas de niños con VIH en fracaso terapéutico.
  • Proyecto México: Funding, diseño y planificación de estudio ya aprobado por el Comité Etico. Toma de muestras de plasma/DBS pareados en 120 pacientes y consecución de permisos de transporte de muestras. Ha comenzado la medición de niveles en plasma y de expresión de mRNA de los marcadores inmunes en estudio.
  • 2022: Finalización del proyecto Panamá: El proyecto ha analizado la situación epidemiológica de la población pediátrica y adolescente que vive con VIH en Panamá, detectando fracasos y retrasos terapéuticos, resistencias a los fármacos antirretrovirales frente al VIH y variantes virales en niños y adolescentes en dicho país.

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

  • 2022. Publicación científica. Drug resistance in children and adolescents with HIV in Panama.
  • 2022. Póster: 24th International AIDS Conference. Drug resistance in children with HIV in the Democratic Republic of Congo, Equatorial Guinea and Panama. Ventosa Cubillo J, Rodríguez Galet A, Rubio M, Valadés A, Reina G, Ndarabu A, Pinzón R, Estripeaut D, Navarro ML, Bendomo V, Eyene M, Mikue-Owono T, Nzang J, Ncogo P, Benito A, and Holguín A

ENTIDADES COLABORADORAS

  • Guatemala: CYTED-PLANTAIDS y Asociación Bomberos Ayudan.
  • México: CYTED-PLANTAIDS, SEPLA-AYUDA y la Fundacion para la Investigacion Biomedica HGUGM (proyecto 2021-II-PI-COOP-01).
  • Panamá: CYTED-PLANTAIDS

Proyectos finalizados

DIAGNÓSTICO PRECOZ, ANÁLISIS DE RESISTENCIAS Y ESTUDIO VIROLÓGICO DEL VIH EN POBLACIÓN PEDIÁTRICA DE KINSHASA (R. D. CONGO)

OBJETIVOS

  • Proyecto de COOPERACIÓN INTERNACIONAL.
  • Formación del personal técnico del Hospital de Monkole para toma correcta de muestras y su transporte a -20ºC desde República Democrática del Congo (RDC) de los niños a Madrid.
  • Diagnóstico precoz del VIH en niños nacidos de madre infectada por el virus en sangre seca.
  • Cuantificación de la cantidad de virus en todos los niños infectados y evaluar de distintas técnicas para identificar la que mejor cuantificar las variantes del virus que circulan en RDC.
  • Identificación de virus resistentes a fármacos antirretrovirales en niños y detectar fracasos al tratamiento.
  • Descripción epidemiológica y de las variantes virales en la población pediátrica, adolescente y adulta desde el principio de la epidemia en RDC.
  • Estudios de marcadores de inflamación usando sangre seca.
  • Evaluación de la eficacia de técnicas moleculares diferentes empleadas para la monitorización de la infección.
  • Estudios de protección frente a patógenos vacunables en población pediátrica de Kinshasa.
  • Transferencia de resultados a clínicos locales para la mejora en el diagnóstico, régimen terapéutico y seguimiento clínico de los pacientes del estudio

ÚLTIMOS AVANCES

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

ENTIDADES COLABORADORAS

OTROS PROYECTOS EN LATINOAMÉRICA

OBJETIVOS

  • Proyecto en Honduras: Variantes virales y resistencias en la población pediátrica infectada por VIH-1 del hospital Dr. Mario Catarino Rivas de la Ciudad de San Pedro Sula, Honduras.
  • Proyectos en El Salvador:
    Estudio 1: Resistencia primaria del VIH-1 en El Salvador.
    Estudio 2: Variantes virales y resistencias en la población pediátrica infectada por VIH-1 de EL Salvador.
  • Formación de personal técnico y médico latinoamericano de varios países a través de rotaciones en el laboratorio y cursos de formación especializada en el campo del VIH, incluyendo técnicas diagnósticas y resistencias a antirretrovirales.

ÚLTIMOS AVANCES

  • 2012: Finalización del proyecto Honduras. En este trabajo se identificaron las variantes del VIH, los virus resistentes a antirretrovirales y las mutaciones a cada familia de fármaco antiviral en niños que viven con VIH en Honduras, tanto en aquellos que nunca habían recibido terapia como en los que estaban en fracaso terapéutico.
  • 2012: Finalización del proyecto El Salvador. En este estudio se describe por primera vez la prevalencia de mutaciones de resistencia a las distintas familias de fármacos antirretrovirales en adultos y niños infectados con VIH en El Salvador antes de recibir su primera terapia antirretroviral.
  • 2011: Asesoría técnica en la implantación del primer laboratorio nacional para la identificación de resistencias a antirretrovirales en El Salvador siguiendo las directrices de la OMS y con apoyo del Fondo Global. Asesoría sobre los diferentes métodos de genotipificación de resistencias comerciales y no comerciales (Abbott and Siemens vs. WHO method).
  • 2019-2022: Rotación en nuestro laboratorio de un licenciado técnico del Hospital del Niño Dr. José Renán Esquivel (Panamá) para su capacitación en investigación en resistencias antirretrovirales frente al VIH
  • 2011: Formación de dos licenciados técnicos seleccionados por el programa nacional de ITS/VIH/SIDA del Ministerio de Sanidad de el Salvador y transferencia de tecnología para la implementación de la detección de resistencias a antirretrovirales en El Salvador usando sangre seca y siguiendo las directrices de la OMS.
  • 2008-actualidad: Formación en VIH a clínicos latinoamericanos en 14 ediciones del Máster Online “INFECCIÓN POR EL VIRUS DE LA INMUNODEFICIENCIA HUMANA”. Organizado por el Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad y la Universidad Rey Juan Carlos, Madrid. Englobado en el proyecto Esther-España organizado y coordinado por el Plan Nacional del SIDA para la formación técnica de profesionales de la infección por VIH-1 de Latinoamérica y España. Capítulos impartidos por África Holguín: Virología del VIH; Diagnóstico del VIH y Epidemiología Molecular del VIH. Dirección de 11 tesinas de este Máster hasta 2022

TRABAJOS PRESENTADOS EN CONGRESOS Y ARTÍCULOS

ENTIDADES COLABORADORAS

  • El Salvador: Proyecto avalado por el Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social y Fondo Global/MSPAS RCC: Estrategia de lucha contra el VIH-sida en poblaciones vulnerables como coadyuvante a la reducción de pobreza en El Salvador 2009-2014
  • Honduras: Proyecto respaldado por el Plan Nacional de SIDA español en el marco del Proyecto Esther (Unión por la Solidaridad Terapéutica Hospitalaria en Red) y la Agencia Española de Cooperación Internacional.